Im 9. Jahrhundert war bereits ein Gebäck mit dem Namen „krapfo“ in Wien bekannt, und im 13. Jahrhundert wird es in europäischen Klosterküchen als „craplum“ oder „craphun“ erwähnt.
Die erste schriftliche Erwähnung von Krapfenpacherinnen stammt aus der Wiener Kochordnung von 1486, die die Herstellung und den Verkauf dieser Gebäcke regelte. Im 18. Jahrhundert wurde der Krapfen besonders populär, insbesondere im Rahmen der Faschingszeit. Während des Wiener Kongresses 1815 sollen etwa 10 Millionen Krapfen verzehrt worden sein. In der Bürgergesellschaft war der Krapfen ein Luxusgebäck, das zu Faschingsfesten, Hofbällen und gesellschaftlichen Anlässen gehörte.